虹膜色素沉着和蓝色折射
猫咪虹膜的构造分为两层，外层是基质，细胞排列松散，内层则是上皮组织，细胞排列紧密。无论是外层还是内层都含有能产生色素的细胞，眼睛的颜色绝大多数来自这些细胞。虹膜色素沉着和透明结构色素沉着均受染色体上不同部位的多个基因（多基因）控制。
当然猫咪眼睛特殊的折射性也影响着眼睛的颜色。
猫眼的透明结构（角膜和前房）吸收和折射光线，就像透明的海水，折射出蓝色。而基质中的纤维的大小、间距和密度决定了它如何反射和折射光线，决定了蓝色的色度。（之所以会折射出蓝色，原理和大海折射蓝色的原理是一样的，光线和透明结构之间的反射和吸收作用。光由七种颜色组成，也叫光谱。在光谱中，红色到绿色的波长范围附近的光就容易被吸收，蓝色部分的光则会被反射出去。）
简单来讲，蓝色会影响的我们看到的虹膜中的其他色素，蓝色的折射和虹膜的色素结合形成了眼睛的整体颜色。当铲屎官看猫咪眼睛的颜色时，相当于透过一个蓝色的窗户。而虹膜的色素和蓝色折射相结合后会形成不同的颜色，从而导致猫咪眼睛的多彩。
黑色素细胞的数量和活性
黑色素细胞同样也是中和蓝色折射的关键，它同样影响着猫咪眼睛的颜色和色度。如果没有黑色素细胞，猫咪的眼睛就只会呈现出蓝色。有了黑色素细胞的加入，猫咪眼睛的颜色则可以随着黑素细胞数量的增多减少变为橙色、绿色、青色等各种颜色。黑色素细胞较少时，眼睛就会呈现出绿色，黑素细胞数量较多时，眼睛就会呈现橙色。
黑素细胞的活性会影响颜色的强度，也就是我们所说的色度。黑素细胞活性低，会产生较少的色素，眼睛的颜色就会变浅，活性高则会产生较多色素，眼睛的颜色更深。
所以猫咪眼睛的色度是连续过度的：
眼睛是绿色的范围可以从浅绿色到深绿色；黄色的范围可以从浅琥珀色到深铜色；蓝色的范围可以从浅蓝色到紫罗兰色……
除了眼中存在各种颜色外，异瞳也是猫咪眼睛的一种奇观。长着一只蓝色眼睛一只黄色眼睛的鸳鸯眼山东狮子猫，相信很多铲屎官都见过，简直太帅了，只看一眼，就被独特的异瞳深深的吸引！
为什么会出现异瞳？
鸳鸯眼是异瞳的一种，除了鸳鸯眼外，还有双色眼，是同一只眼睛中存在两种颜色，这种现象比较少见。
造成鸳鸯眼和双色眼的原因都与黑色素细胞的缺乏有关。
鸳鸯眼通常是由于白色基因的影响导致其中一只眼睛缺乏黑色素细胞，从而保持蓝色，而另一只眼睛有该有的黑色素细胞，使其着色，所以鸳鸯眼
通常会出现在纯白色或者加白的猫咪身上。
双色眼也是由白色基因的影响所导致的，当不同数量的黑素细胞或者不同活性的黑素细胞，存在于一个虹膜的不同区域时，就会出现这一现象。
异瞳现象大多会出现在白色猫咪身上，如果猫咪身上没有白色，即非加白猫咪，也是异瞳，通常是由于胚胎发育异常造成的。
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