1、基本书库（一楼西）
基本书库主要收藏学校2003年以前出版的及各书库日常剔旧的各类图书128200余种，411600余册。周一至周五每天开放八个小时，为读者提供阅览和查询服务，不外借。
2、过刊阅览室（一楼北）
过刊阅览室主要收藏自1907年以来的过刊合订本43500余种，100100余册，周一至周五每天开放八个小时，为读者提供藏、借、阅一体化服务。
3、社会科学第一图书借阅室（二楼北）
社会科学第一图书借阅室主要收藏了近年来出版的A马列、B哲学宗教、C社会科学、D政治法律类图书41800余种，110300余册册，周一至周日每天八个小时对读者开放，为读者提供藏、借、阅一体化服务。
4、社会科学第二图书借阅室（三楼北）
社会科学第二图书借阅室主要收藏了近几年出版的E军事、F经济、H语言文字类图书31700余种，111500余册，周一至周日每天八个小时对读者开放，为读者提供藏、借、阅一体化服务。
5、社会科学第三图书借阅室（三楼西）
社会科学第三图书借阅室主要收藏了J艺术类和K历史地理两大类图书41800余种，132200余册。周一至周日每天八个小时对读者开放，为读者提供藏、借、阅一体化服务。
6、社会科学第四图书借阅室（三楼南）
社会科学第四图书借阅室主要收藏I文学类图书共36100余种，114400余册，周一至周日每天八个小时对读者开放，为读者提供藏、借、阅一体化服务。
7、电子阅览室（三楼西）
电子阅览室设微机80台，全周全天向读者开放，周开放时间90个小时以上。可以通过电脑网络检索和阅览到148万种电子图书、30000余种电子期刊和随书光盘，其中包括超星电子图书、同方知网中国学术期刊数据库、万方中国学位论文数据库、万方科技子系统、人大复印报刊资料全文数据库、维普考试资源系统、SpringerLink外文数据库、EBSCO外文数据库、聚合外文期刊及博硕论文数据库、馆藏书目数据库、菏泽学院优秀学位论文数据库、随书光盘数据库等电子资料，并可通过互联网查阅其它中外信息资料。
8、非书资料室（三楼北）
非书资料室收藏有随书光盘、磁带等非书资料共计14600余种，61900余册。主要为读者提供阅览和查询服务，不外借。
9、菏泽地方文献、捐赠文献展厅（三楼圆厅）
共收藏有1500余种、2100余册菏泽地方文献，内容包括菏泽地方政治、经济、文化、教育、艺术、宗教、民风、民俗和社会发展动态等各个方面，是研究菏泽文化的独具特色的地方资源。捐赠文献展厅收藏有社会各界人士捐赠图书资料4779种，6523册。周一至周五每天八小时对读者开放，主要为读者提供阅览和查询服务，不外借。
10、自然科学图书借阅室（四楼西）
自然科学图书借阅室主要收藏了近年来出版的11大类（N类至Z类）理科图书，共计75100余种，153100余册，周一至周日每天八个小时对读者开放，为广大师生提供藏、借、阅一体化服务。
11、第一图书阅览室（四楼北）
本阅览室主要收藏自建馆以来所购进的11大类（A类至K类）社科样本图书，目前共有藏书150000余种，153900余册，周一至周日每天八小时对读者开放，主要为读者提供阅览和查询服务，不外借。
12、第二图书阅览室（四楼南）
第二图书阅览室主要收藏自建馆以来所购进的11大类（N类至Z类）自然科学样本图书75905种，76648册，另外还包括工具图书8200余种，11700余册，周一至周日每天八小时对读者开放，主要为读者提供阅览和查询服务，不外借。周一至周日每天八小时对读者开放，主要为读者提供阅览和查询服务，不外借。
13、特藏书库（五楼北）
特藏书库共有藏书17000余种，18600余册，主要收藏了民国以前的古籍善本图书和大型精装图书，其中有9266件被国家文物局认定为文物图书。重点收藏有明刻本图书14种，清刻本219种，其中包括《四库全书》、《续修四库全书》、《丛书集成》、《万有文库》、《古今图书集成》、《四部丛刊》、《中国大百科全书》、英美百科全书等，是本馆最具特色的书库。
14、报库（五楼北）
本库共收有各种报纸合订本16600余册。其中包括早年发行的《申报》（1872、4～1947、5）、《晨报》（1916～1928、6）、《大公报》（1917、1～1956、6）等几种着名报纸；《人民日报》、《光明日报》等二十余种全国性报纸；《北京日报》、《菏泽日报》等近三十种地方性报纸以及《电脑报》、《书法报》等五十种专业性报纸。
15、外文综合类图书借阅室（五楼南）。
本借阅室主要收藏H外文、Z综合类图书，36400余种，121900余册，外文图书以英文图书为主，其中包括英文版的《化学文摘》2300卷，另收藏有少量的日文、俄文等其他语种图书，周一至周日每天八小时为读者提供藏、借、阅一体化服务。
16、教师教育图书借阅室（教师教育图书馆二楼南）
教师教育图书借阅室收藏G教育类图书32600余种，135000余册，周一至周日每天八个小时对读者开放，为读者提供藏、借、阅一体化服务。
